zisiejsza nazwa osady Wodynia nadana jej przez Komisję Ustalania Nazw Miejscowości w 1948 r. nie ma żadnego związku z uwarunkowaniami historycznymi i położeniem topograficznym. Inne nazwy przejściowe to: Kąty, Woda, Kłaki i Przybyszów.

Pierwotna nazwa Claukendorf, późniejsze (Klackendorff) Klakendorf, wywodzi się zapewne od Klauke lub Klanko, czyli zdrobnienia imienia Claus i Nickel (Mikołaj) lub też od imienia pruskiego. W dokumencie z 30 czerwca 1330 r. komtur elbląski (w latach 1320-1331) Hermann von Öttingen (w Kadynach) odnowił przywilej dla młyna w Claukendorf, który był wystawiony między 1305 a 1312 rokiem przez komtura elbląskiego (w latach 1304-1312) Henryka von Gera, ale dokument zaginął. Komtur nadał młyn i 2 włóki niejakiemu Eylerowi, wycofał jednak prawo do połowów ryb.

O samej wsi słyszymy dopiero w 1362 r. Nie była to wieś niemiecka, ale „wieś pruska” - na prawie pruskim, którą zamieszkiwała rdzenna ludność pruska. Roku założenia wsi nie można już określić. W dniu 25 lutego 1362 r. komtur elbląski (w latach 1349-1372) Ortolf von Trier odnowił w Pasłęku nadania dla Klakendorf, ale dokument ten spłonął w pożarze. Wieś miała 6 włók i 9 mórg ziemi i były tutaj 3 zagrody. Prusowie z Klakendorf nie byli zwykłymi chłopami, ale wolnymi właścicielami ziemskimi (Freie). Nie płacili dziesięciny i byli wolni od szarwarków. Musieli jednak płacić podatek w zbożu – tzw. płużne (Pflugkorn). Od chłopów poddanych odróżniali się podstawowym obowiązkiem, którym była osobista służba wojskowa na koniu, w lekkiej zbroi. Byli też zobowiązani do świadczeń rzeczowych przy budowie zamków.

Claukendorf został ponownie wymieniony w księdze czynszowej komturstwa elbląskiego z 1406 r. w związku z czynszem za tamtejszy młyn, który wynosił 4 marki i 4 tłuste gęsi rocznie - płacone na św. Marcina (11 listopada). Zamiast 4 gęsi młynarz mógł zapłacić 4 skoty, czyli 8 groszy (1 skot=1/24 marki). Wodynia należała wówczas do obszaru (Gebiete) w Młynarach (Mühlhausen).

W dniu 15 lipca 1418 r. wielki mistrz (w latach 1414-1422) Michael Küchmeister von Sternberg w Elblągu wydał nowy dokument dla Klakendorf. Wynika z niego, że wielki mistrz wymienił się z trzema Prusami na ziemię. Byli to: Peter Nerweiken, Mathis von Klakendorf i Hensel von Limberg. Przekazali oni wielkiemu mistrzowi ziemię w Cuddy (Cadinen), Baudain (Bandeynen) i na polu Cragen, a w zamian otrzymali 14 mórg ziemi w Klakendorf oraz pół włóki lasu, zarówno na prawie magdeburskim, jak i wolne od szarwarków. Ze specjalnej łaski na wyposażenie wojenne otrzymali po 30 marek. Byli zobowiązani do zapewnienia trzech służb zbrojnych z końmi i zbroją na wszystkie wyprawy wojskowe i do pomocy przy budowie zamków. Musieli także dostarczyć zboże od pługa. Dokument ten pokazuje również, że Prusowie z Klakendorf nie byli zwykłymi rolnikami, lecz byli szczególnie zasłużonymi dla Zakonu. Właściciele z Klakendorf od wieków uważali się za coś wyjątkowego. Jednak tylko nieliczne rodziny pruskich wolnych, dzięki silniejszej pozycji ekonomicznej, własnym zdolnościom czy też koligacjom, weszły do stanu szlacheckiego. Wolni pruscy nie zawsze mieli dobre konie i dobrą zbroję na skutek nędzy. Dość często dochodziło u nich do zamiany służby na czynsz, a nawet do nadawania wolnych szlachcie, co sprowadzało ich do pozycji prawnej poddanego chłopa.

Później w Klakendorf było pięć gospodarstw.

Lustracya starostwa Tolkmickiego die 18 octobris 1664 odprawiona.

Wsi starostwa tolkmickiego.

1. Klaukendorff.

W tej wsi zasiedli lemanow 5 za przywilejami krzyżackimi od wszelkich robot wolnych, którzy się na dwoje dzielą. Z jednej strony jest trzech za jednym przywilejem Michała Kuchmistrza krzyżackiego anno 1418 mają hakow 14, ktorych połtora w włokę wchodzi i poł włoki lasu. Z drugiej strony wsi jest dwuch za osobliwym przywilejem Orloffa von Tyre, commendantora Elbiąskiego anno 1352 confirmatią serenissimi Vladislai IV anno 1636 stwierdzonym. Mają włok 6 morgow 9.

Powinność ich była według przywilejow służbę zbrojną odprawować według potrzeby i około namiotow w obozach pomagać i szałasze budować. Nadto od każdego haku korzec pszenice, a od każdego pługa korzec żyta i korzec pszenice dawać powinni byli. Teraz według dawnego zwyczaju nie dają tylko po korcu pszenice z osiadłości, facit pszenice korcy 5 a fl.2 gr.10 fl. 11 gr. 20

Z osobna za drogi manu coniuneta daje ta wieś mareas Pruthenicas centum, facit fl. 66 gr. 20

Kamienie młyńskie i wały do koł, gdy tego potrzeba, wozić powinni. Inszych żadnych nie odprawiają szarwarków, jeśliby jednak na wojnę jachać mieli, każdemu na koń po trzydzieści grzywien pruskich z starostwa na oręże dać powinno. Piwa mają wolne robienie na swą potrzebę.

Tacy zbożem wieś ta nie daje, tylko pieniężną do Neukirchu z osiadłości po fl. 3, a przedtym nie płacili tylko po gr. 20.

Summa villae fl. 78 gr. 10.

(A. Mańkowski, J. Paczkowski, op. cit., s. 425-426.)

W okresie polskim (1466-1772) Wodynia należała do starostwa tolkmickiego. Kiedy wieś była lustrowana przez komisję królewską w 1742 r., zakładano, że posiada 15 włók ziemi - w 1362 r. miała 6 włók i 9 mórg, a w 1418 r. dodano 9 i ⅓ włóki (= 14 mórg – 1 morga = ⅔ włóki). Jednak kiedy zmierzono zajmowaną ziemię, okazało się, że obszar wsi był większy o około 20 mórg. Oczywiście zastosowano pruską miarę.

W 1742 r. wieś musiała zapłacić 15 florenów za służbę wojskową. W okresie pruskim (od 1772 r.) opłata za zbrojnego jeźdźca wynosiła 3 talary i 10 srebrnych groszy. W powiecie elbląskim oprócz Wodyni, dobra rycerskie (Rittergut) Kadyny musiały uiścić opłatę w wysokości 5 talarów. Separację gruntów przeprowadzono w Wodyni w 1853 r. Około 1925 r. wieś posiadała 278 hektarów i 61 mieszkańców (1905-67 osób, 1910-56 osób, 1933-46 osób, 1939-46 osób).