
Kolejny dokument dotyczący wsi Wilkowo wystawiony został w dniu 19 lipca 1367 r. w Pasłęku przez komtura elbląskiego (w latach 1349-1372) Ortolfa von Trier i wymienia Hannusa von Serpin oraz niejakiego Jakoba Scholmisa. Hannus sprzedał, za uczciwą cenę, Jokobowi jedną włókę w Wilkowie.
28 marca 1378 r. komtur elbląski (w latach 1372-1384 ) Ulrich Fricke w Zastawnie (Schönberg) wystawił dokument dotyczący nadmiarowej włóki (Übermassland) w Wilkowie. Podczas pomiaru gruntów okazało się, że wieś miała jedną włókę więcej niż zawarto to w przywilejach. Zakon sprzedał włókę mieszkańcom Wilkowa za 20 marek i ustanowił za nią podatek roczny, który wynosił 1/2 marki. Proboszcz Pomorskiej Wsi za ową włókę miał otrzymywać dziesięcinę, ale miała też być wolna od pańszczyzny i szarwarku. Jednym ze świadków tych postanowień był proboszcz Mateusz (Mattis) z Pomorskiej Wsi. Według księgi czynszowej komturstwa elbląskiego z 1406 r. Wilkowo należało do obszaru (Gebiete)
w Młynarach (Mühlhausen).
W czasach polskich Wilkowo trafiło pod zarząd Landrichteramt Elbing (urząd sędziego ziemskiego).
W przepływającym obok Wilkowa potoku młyńskim elbląski rajca, poeta i historyk Fryderyk Zamehl (*1590, †1647) szukał w 1630 r. „kamieni szlachetnych” (Edelsteine). Ponieważ w tamtym czasie Elbląg był okupowany przez Szwedów (1626-1635), Zamehl kazał znalezione kamienie szlifować w Gdańsku. Nie wiadomo czy rozmyślnie, podarował te fałszywe kamienie, które były tylko ładnymi kamieniami z rzeki, szwedzkim dostojnikom: kanclerzowi Oxentierna „diament”, grafowi Brahe „szafir”, marszałkowi polnemu Wrangelowi „rubin” a innym wysokim osobistościom kolejne kamienie. Do każdego podarowanego kamienia dołączał Zamehl też swój wierszowany panegiryk. W 1635 r. ukazał się nawet zbiór jego tekstów pochwalnych. W tym samym roku na posiedzenie Rady Miasta Elbląga przyniósł zbiór swoich kamieni. Nie wiadomo jak odebrała to Rada, ale jeszcze w 1720 r. radca dworski Braun wyjaśniał, iż kamienie Zamehla do złudzenia przypominały kamienie orientalne. Rajca miejski Gotsch (†1795) oddał do wyszlifowania kilka kamieni z potoku młyńskiego, które po tym zabiegu miały wyglądać jak kamienie szlachetne.
W 1820 r. Wilkowo posiadało 40 włók, 10 zagród chłopskich i 248 mieszkańców. Była to dość duża i bogata wieś - jak na biedną Wysoczyznę Elbląską. Miała dobrą ziemią i pracowitych mieszkańców. Słynęła przede wszystkim z hodowali pięknych i silnych koni, za które uzyskiwano wysokie ceny. Granice obszaru rolnego wsi zostały ustalone w 1851, a tzw. separację gruntów przeprowadzono w 1856 r. Separacja polegała na komasacji rozdrobnionych gruntów, ponownym ich wymierzeniu i przydzieleniu ich ponownie chłopom. Dzięki temu uzyskano zwarty areał gruntów, ale gospodarstwa zaczęły się oddalać od siebie. Dzięki separacji zastąpiono prymitywną trójpolówkę, na rzecz płodozmianu.

Po I rozbiorze Polski (1772) wieś przeszła pod panowanie Królestwa Prus.
Szkoła w Wilkowie była jeszcze w czasach polskich.. W 1790 r. w Wilkowie wymieniony jest nauczyciel Döring. W 1791 r. przeszedł do Pomorskiej Wsi jako pomocnik organisty Perschona, którego później zastąpił. Jego następca w Wilkowie nazwiskiem Bernhard w 1793 r. udał się do Weklic (Wöklitz), a stamtąd do Jagodnika (Behrendshagen). Od 1795 r. w tutejszej szkole nauczał Jakub (Jakob) Gehrmann. Swój egzamin nauczycielski zdał w 1801 r. u superintendenta szkolnego Webera w Elblągu. W 1812 r. wyjechał do pracy jako organista w miejscowości Neuheide. Jego następcą został Michael Kolmsee z Pomorskiej Wsi. W 1819 r. przeszedł on do Pangritz Kolonie (od 1913 r. w granicach Elbląga, obecnie dzielnica Zawada). Jego następca Ferdinand Fischer, jeszcze w tym samym roku poszedł do Zalesia (Schönmoor). Nauka w tym czasie odbywała się na zmianę w domach tutejszych chłopów – tzw. wędrująca szkoła. Po przybyciu do Wilkowa nauczyciela Königa w 1820 r. zbudowano tutaj budynek szkolny. König zmarł w 1847 r. W 1862 r. budynek przeszedł gruntowny remont. W tym samym roku do szkoły w Wilkowie na 10 lat przypisano dzieci z majątku w Stagnitach (Stagnitten). W 1873 r. budynek szkolny przeszedł remont i rozbudowę. Kolejnego remontu dokonano w 1882 r. Gdy w dniu 2 lipca 1899 r. z Elbląga przez Pomorską Wieś do majątku w Kadynach jechał cesarz, przy drodze pozdrawiały go dzieci ze szkoły i mieszkańcy Wilkowa. W 1908 r. przez Wilkowo zbudowano drogę bitą, która prowadziła z Przezmarku (Pr. Mark) przez majątek Serwin do drogi w kierunku Młynar (Mühlhauser Strasse). W tym samym roku ze szkoły w Wilkowie wyłączono dzieci ze Stagnit, gdzie powstała własna szkoła.
W latach 1874 -1945 Wilkowo administracyjnie było częścią (Amtsbezirk Pomehrendorf) gminy wiejskiej w Pomorskiej Wsi. Do 1945 r. wieś należała do parafii protestanckiej w Pomorskiej Wsi. Obecnie Wilkowo należy do parafii katolickiej Niepokalanego Serca NMP w Pomorskiej Wsi.
Około 1925 r. Wilkowo posiadało 734 ha i 306 mieszkańców. (Populacja Wilkowa liczyła w 1905 - 329 osób, 1910 – 310 osób, 1933 – 279 osób i w 1939 – 286 osób). Wilkowo było wówczas zwane Wolfsdorf-Höhe dla odróżnienia od Wolfsdorf (Wolfsdorf-Niederung) po drugiej stronie Nogatu.
Po 1945 r. Instytut Bałtycki proponował zmianę dawnej nazwy Wolfsdorf-Höhe na Wilcza Góra (był też wariant Wilczno), jednak ostatecznie wybrano obecną nazwę Wilkowo.
Temat w przygotowaniu. Treść może ulec zmianie.
Źródło:
E.G. Kerstan, Die Geschichte des Landkreises Elbing, Elbląg 1925, s. 414-416.
M. Pawlak, Zamehl (Zamelius) Fryderyk (1590-1647) [w]: Słownik biograficzny
Pomorza Nadwiślańskiego pod red. S. Gierszewskiego, T. 4 pod red.
Z. Nowaka, Gdańsk 1997, s. 514–515.